Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) melalui Keputusan Presiden Nomor: 65/M Tahun 2012 memutuskan untuk mempertahankan 18 wakil menteri yang ada. 

Menurut laman resmi Sekretaris Kabinet di Jakarta, Sabtu (9/6) malam, ke delapan belas wakil menteri itu adalah Alex SW Retraubun (Wakil Menteri Perindustrian), Bambang Susantono (Wakil Menteri Perhubungan), Hermanto Dardak (Wakil Menteri Pekerjaan Umum), Sjafrie Sjamsoeddin (Wakil Menteri Pertahanan), dan Lukita Dinarsyah Tuwo (Wakil Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional). 

Selanjutnya adalah Anny Ratnawati (Wakil Menteri Keuangan), Wardana (Wakil Menteri Luar Negeri), Denny Indrayana (Wakil Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia), Mahendra Siregar (Wakil Menteri Keuangan), Bayu Krisnamurthi (Wakil Menteri Perdagangan), Rusman Heriawan (Wakil Menteri Pertanian), dan Ali Ghufron Mukti (Wakil Menteri Kesehatan) 

Kemudian Musliar Kasim (Wakil Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Bidang Pendidikan), Wiendu Nuryanti (Wakil Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Bidang Kebudayaan). 

Nasarudin Umar (Wakil Menteri Agama), Sapta Nirwandar (Wakil Menteri Pariwisata dan Ekonomi Kreatif), Eko Prasojo (Wakil Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi), dan Mahmuddin Yasin (Wakil Menteri Badan Usaha Milik Negara). 

Para Wakil Menteri itu adalah mereka yang diangkat berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 111/M Tahun 2009 Keputusan Presiden Nomor 3/P Tahun 2010 Keputusan Presiden Nomor 57/P Tahun 2010 dan Keputusan Presiden Nomor 159/M Tahun 2011. 

Masa jabatan para wakil menteri itu paling lama sama dengan masa jabatan atau berakhir bersamaan dengan berakhirnya masa jabatan Presiden periode 2009-2014. 

Sedangkan hak keuangan dan fasilitas lainnya yang diberikan kepada para wakil menteri, menurut Keppres itu, akan diatur dengan peraturan perundang-undangan.  

Dengan diterbitkannya Keppres tersebut, yang sebelumnya juga didahului dengan terbitnya Peraturan Presiden Nomor 60 Tahun 2012 tentang Wakil Menteri, selesai sudah persoalan yang timbul dari pengangkatan Wakil Menteri.  

Sesuai dengan Keppres itu, semua Wakil Menteri tetap dipertahankan pada posisi masing-masing, kecuali nama almarhum Widjajono Partowidagdo dari jabatan Wakil Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral. 

Sebelumnya terkait perkara permohonan pengujian UU Nomor 39 Tahun 2008, Mahkamah Konsitusi dalam putusan Nomor 79/PUU-IX/2011 menegaskan pengangkatan dan pemberhentian wakil menteri adalah bagian dari kewenangan presiden.  

Atas dasar itu, Mahkamah Konstitusi menghapuskan penjelasan Pasal 10 UU No, 39 Tahun 2008 yang menyebutkan, jabatan Wamen adalah jabatan karir, dan Wamen bukan merupakan anggota kabinet karena dianggap mengurangi hak eksklusif Presiden dalam mengangkat Wakil Menteri.