Umat Islam di Indonesia memiliki banyak tantangan dalam masa modern ini. 

Tantangan tersebut tidak hanya bagaimana mengamalkan toleransi terhadap perbedaan di antara agama-agama dan keyakinan yang ada di Indonesia saja tetapi juga menghadapi permasalahan dalam agamanya sendiri.

"Bagaimana menjaga persatuan di dalam lingkungan umat Islam sendiri dengan menghindarkan diri dari sikap merasa benar sendiri dan sikap sesat menyesatkan," ujar Wakil Presiden Boediono dalam pidatonya di acara muktamar ke-39 Al-Irsyad Al-Islamiyah di Jakarta, Senin (18/6).

Berbagai tantangan ini, menurut Boediono, bisa semakin bertambah apabila diikuti dengan tindak kekerasan yang melanggar hukum. 

Oleh karena itu, diperlukan dukungan organisasi massa Islam seperti Al-Irsyad, Nahdlatul Ulama (NU), Muhammadiyah dan ormas Islam lainnya untuk membantu memberantas segala bentuk kekerasan. 

Ormas Islam, terutama yang berbasis massa besar diharapkan bisa memberantas segala bentuk kekerasan apalagi yang menjujur kepada terorisme demi kemaslahatan masa depan bangsa.

Menurut Boediono, Al-Irsyad memiliki ciri demokrasi dan semangat modernitas  yang kuat dalam tubuhnya.

"Al-Irsyad tidak menekankan pada hierarki tetapi lebih bersifat egaliter. Sejak awal berdirinya perhimpunan ini memberikan tempat penting bagi peranan kaum wanita," ujarnya.

Ia menerangkan, ada yang berpendapat barangkali hal ini karena Al-Irsyad merupakan kelanjutan gelombang modernisasi yang disuarakan Muhammad Abduh dari Mesir.
 
Menurut Boediono, demokrasi dan modernintas haruslah direngkuh dalam Islam yang sesuai dengan zaman yang berkembang saat ini.

"Islam, demokrasi dan modernitas sejalan dengan apa yang kita semua perjuangkan dalam alam reformasi ini,” ujarnya.

Boediono pun berharap Al-Irsyad dapat terus mempertahankan dan tampil dengan ide-idenya yang kreatif, inovatif, serta mampu menangkap kembali etos pembaharuan dan kemoderenan pendirinya, dan tidak tenggelam dalam rutinitas yang mengarah kepada kemandekan. 
 
Wapres memberi apresiasi terhadap perhimpunan Al Irsyad yang telah berdiri selama lebih dari 100 tahun dan telah berkiprah dalam berbagai kegiatan di bidang pendidikan, kesehatan, sosial-ekonomi dan dakwah yang manfaatnya langsung dapat dirasakan oleh masyarakat.